Potaknut istraživačkim arheološkim iskapanjima liburnsko-rimskog naselja i nekropole na brdu Velika Mrdakovica, koja su dala izuzetno vrijedne i raritetne rezultate, Grad Vodice je podnio zahtjev da se cijelo brdo s ostacima naselja, nekropole i rimske cisterne koja se nalazi u neposrednoj blizini ostataka naselja, ujedini u jedan lokalitet kao zaštićeno kulturno dobro od nacionalnog interesa. Rješenjem Ministarstva kulture, Velika Mrdakovica je upisana u Registar nepokretnih kulturnih dobara čime joj je dan status zaštićenog spomenika kulture.
Prvo sustavno arhološko istraživanje Velike Mrdakovice provedeno je u razdoblju od 1969. do 1974. godine pod vodstvom arheologa Zdenka Brusića. Tada je istražen dio gradinskog naselja i nekropole na južnim obroncima brda i otrkriveno 130 inhumiranih ukopa koje datiramo od 4. do 1. st. prije Krista i paljevinskih ukopa iz 1. i 2. stoljeća. Prapovijesni helenistički grobovi rađeni u suhodzidu od pravilno tesanog kamena sadržavali su reljefno ukrašene keramičke posude uvezene s grčkih kolonija na Jadranu, dok je antički keramički, jantarni i stakleni materijal uvezen iz cijenjenih rimskih proizvodnih središta u sjevernoj i srednjoj Italiji, južnogalskih te sirijsko-palestinskih radionica što ukazuje na razvijene trgovinske veze koje je tadašnje stanovništvo Mrdakovice uspostavilo s prekomorskim i regionalnim susjedima.
Zajedničkim financiranjem Ministarstva kulture i Grada Vodica arheološka istraživanja nekropole ponovno su započeta 2011. godine pod vodstvom arhologa Tonija Brajkovića, kustosa antičke zbirke Muzeja grada Šibenika i otada kontinuirano traju. Istraženo je osam sondi ili 270 m2 nekropole i otkriveno 15 novih grobova, od kojih je 14 iz rimskog, a samo jedan iz helenističkog doba.
Početkom godine otkopana je i 1/5 gradinskog naselja iz prapovijesti i rimskog doba. Otkrivno je da je naselje bilo utvrđeno dvostrukim bedemima; vanjski se nalazi na oko 2/3 visine brda, izgrađen je od neobrađenog kamena, dok je unutarnji izgrađen od priklesanog megalitskog kamena. Prostor unutar bedema bio je potuno urbaniziran, a prema nalazima može se zaključiti da je naselje prestalo postojati u 3. stoljeću.