Samostanski muzej podijeljen je u četiri cjeline. Audio odjel, odjel s relikvijama i vrt gdje će biti izloženi neki od eksponata. Najznačjni dio je onaj koji predstavlja knjižnicu samostana koja ima desetak tisuća veoma vrijednih knjiga. U muzeju se nalazi desetak knjiga među kojima je kodeks broj 11 u sklopu kojeg je Šibenska molitva u originalnom obliku. Šibenska molitva prvi je tekst pisan hrvatskim jezikom i latiničnim pismom, nastao oko 1370. godine, kazao je gvardijan samostana fra Ivan Bradarić.
Samostan svetog Frane svetište je hrvatske knjige. Trebamo biti ponosni na naslijeđe koje se tu nalazi. Ovdje se nalaze tri bitna elementa identiteta: kršćanski, zavičajni i hrvatski. Sva tri su ovdje, pod krovom sv. Frane. Bitno je napomenuti da je i prvi šibenski biskup bio gvardijan ovog samostana, a samostan je i svetište prvog hrvatskog kanoniziranog sveca Nikole Tavelića, rekao je sociolog dr. Ivica Poljičak predstavljajući okupljenima muzej i samostan svetog Frane. o
Prigodom blagoslova šibenski biskup Ante Ivas kazao je kako se večeras otvara još jedan muzej iz bogate materinje škrinje. U rukama je imao evanđelistar Šibenske biskupije iz jedanaestog stoljeća. Simbol je to kako sve vrijednosti otvorenog muzeja imaju izvore i nadahnuća u Evanđelju. Želimo da ovaj Muzej bude poziv da to ne zaboravimo, kazao je šibenski biskup.